El territorio de la provincia fue visitado por Cristóbal Colón en enero de 1493, durante su primer viaje a las Américas. En esa época, Samaná estaba ocupada por pobladores ciguayos y ocurrió el primer encuentro hóstil entre europeos y nativos.
Durante los siglos XVI y XVII (e inicios del XVIII), Samaná estuvo prácticamente inhabitado; apenas vivían algunos "cimarrones" (esclavos escapados) y algunos pobladores europeos que intentaban colonizar la región. Entre los europeos, los que más frecuentaban la zona eran ingleses y, principalmente, franceses. Las playas eran usadas para reparar y limpiar ("carenar") los cascos de embarcaciones inglesas y francesas; también eran carenados aquí las embarcaciones de bucaneros y filibusteros. "Carenero" sigue siendo un topónimo en Samaná.
Cada cierto tiempo, pero no de manera contínua, las autoridades coloniales españolas hacían expediciones para desalojar a los franceses que intentaban ocupar la región. Incluso llegó a mantener dos galeras en el Cayo Galeras, frente al actual poblado Las Galeras.
En 1756, se fundó la ciudad de Santa Bárbara de Samaná, con familias provenientes de las Islas Canarias, en el lugar llamado Carenero Grande. El poblado se organizó como Parroquia del Partido de La Vega,dentro de la división territorial que tenía entonces el Santo Domingo Español.6
Cuando el Santo Domingo Español pasó, por el Tratado de Basilea, al dominio francés, el gobernador francés Ferrand trató de desarrollar la región de Samaná, instalando colonos franceses que escapaban de la revolución en Haití, incluyendo a la familia de Théodore Chassériau. Estos colonos se dedicaron al corte de maderas preciosas para la exportación y al cultivo de café. La toponimia de Samaná todavía conserva algunos de los apellidos de esas familias: Tesón ("Tessón"), Anadel ("Arrendel"), Clará ("Clarac"); o de palabras francesas, como Las Terrenas ("La terrienne", la terrateniente).
